Le nom de la commune vient peut-être de latin "bellofortis" qui désignerait un château fort remarquable.
Beaufort est fondé officiellement le 5 Octobre 1291 par un acte conclu entre Philippe le Bel, roi de France, et Odon de Casal, abbé de l'abbaye cistercienne des Feuillants installée à Labastide-Clermont, dans le but de défendre les biens religieux par le pouvoir civil.
Au 18ème siècle, l'abbaye cistercienne des Feuillants n'a plus de droits seigneuriaux mais continue à percevoir la dîme de la commune.
En 1790, Beaufort est intégré au canton de Rieumes. A la fin de XIXème siècle, le village qui compte 273 habitants répartis sur le centre et quinze hameaux, vit essentiellement de l'agriculture et de la viticulture.
Suite à la seconde guerre mondiale, une baisse démographique importante a été constatée. Ainsi seulement 140 habitants étaient recensés au début des années 80. Depuis la population n'a cessé d'augmenter (147 hbts en 1990, 247 hbts en 1999, 356 hbts en 2007).
